殺菌設備種類很多，有高溫殺菌，巴氏殺菌，微波殺菌，紫外線殺菌，臭氧殺菌，輻照殺菌，高壓殺菌和化學藥劑殺菌。在眾多種殺菌設備中，各有各的特點和應用范圍。
高溫殺菌和巴氏殺菌主要通過熱力殺菌，需要提供較高的溫度，一般適用于不怕高溫的熟食產品，比如熟食類產品，時間在15分鐘以上。
微波殺菌相對來說溫度在70度左右，通過熱力和電磁波的生物效應一起作用殺菌，時間在5分鐘左右，一般適用于要求殺菌溫度低殺菌時間短的產品。紫外線殺菌只要通過電磁波的生產效應殺菌，溫度較低，但殺菌時間長，一般需要3個小時以上，并且是表面層的殺菌，無法對物體的內部進行殺菌，一般適用于能長期存在于紫外環境的固定物體。比如醫院的病房等。
輻照是一種放射性殺菌，一般應用于滅菌方面，但只局限于表面層的細菌為主，由于目前受到輻射殘留危害的影響，應用受到了很大的限制。
高壓殺菌主要通過壓力進行殺菌，但效果如何尚未得知，目前的應用也未知。
化學藥劑殺菌屬于生產反應類的殺菌，主要應用于非食品產品的殺菌。